La prefectura de Okinawa fue un reino llamado Ryukyu, cuyo vértice era un rey y formaba su propia nación.
El reino comenzó en el año 1187 con la dinastía Shunten, y siguió con la dinastía Eiso, la dinastía Satto, y demás. El rey Satto, en respuesta a la invitación de la China a la relación tributaria, en el año 1372 envía al oficial Taiki a la China a ofrecer sus tributos, De aquí comienzan los llamados "tributos", donde los países vecinos ofrecen obsequios para recibir licencias y regalos imperiales, y comienza también el sistema de la "investidura", donde el emperador chino aprueba a los monarcas de los países vecinos.

El reino Ryukyu de aquella época, estaba dividido en 3 pequeños reinos: HOKUZAN (al norte), CHUZAN (al centro) y NANZAN (al sur), pero el gobernador Shō Hashi los destruyó y los unificó, convirtiéndose en el primer Rei de la dinastía Shō. Luego, para el año 1470, Kanemaru descendiente de la isla Izenajima sube al trono y se coloca el nombre de Shō En, comenzando así la segunda dinastía Shō.

Desde el siglo 14 al siglo 16, Ryukyu realiza comercios de tránsito con China, Japón, Corea y los países del sudeste de Asia, y enriquece enormemente. Posteriormente, la prosperidad de esta época que fue llamada "La gran era del comercio", es inscrita como frase en la "Campana del Puente de las Naciones (Bankoku shinryō no kane).
Pero en el año 1609, el dominio de Satsuma invade Ryukyu con sus 3.000 soldados. Después de esto, Ryukyu es incorporado al sistema de shogunato bajo control japonés, pero continúa su relación con China, y bajo las relaciones diplomáticas de Japón y China, siguió manteniendo su sistema de reinado.

En Ryukyu que como nación comercial recorrió los mares de Asia, hubo intercambio de diversas culturas. Fruto de eso, desarrolló su propia cultura recibiendo gran influencia de China y Japón. El centro de esto fueron las ciudades de Shuri y Naha, es decir, la actual ciudad de Naha.

La ciudad Naha de hoy en día está conformada por 4 regiones: Shuri, Naha, Mawashi y Oroku, cuales tienen todas un rostro diferente.
Shuri fue la ciudad Imperial que se formó alrededor del Castillo de Shuri, que era el centro de la política y la cultura del reino.

Naha se desarrolladó como ciudad portuaria, ya que siempre ha estado ahí el Puerto de Naha. Al lado de la Naha de aquel entonces estaban los pueblos vecinos de Tomari, donde queda el Puerto de Tomari, y el pueblo de Kume, donde vivieron los descendientes de los invitados chinos.

Además, la ciudad de Naha de aquella época era llamada de UKISHIMA, que significa "isla flotante", y estaba unida a la orilla opuesta por un terraplén que cruza el mar llamado CHŌKŌTEI (Camino del mar, alrededor de 1 km), construido en 1451.
Por otro lado, Mawashi y Oroku (en aquella época distritos), como zonas suburbanas rurales, fueron de gran apoyo para la vida en las ciudades metropolitanas de Naha y Shuri.

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En 1972, el dominio de Ryukyu fue establecido a la fuerza por el gobierno Meiji, y en 1879 se envió al ejército y la policía y se creó la prefectura de Okinawa (eliminación de Ryukyu).
En ese momento, la oficina de la prefectura se colocó en Naha, convirtiéndose ésta en el centro político y económico. Además, el 20 de mayo de 1921, se aplica el sistema municipal en los Distritos de Shuri y Naha, y nace por primera vez en Okinawa una "provincia".
Sin embargo, el 10 de octubre de 1944, a causa del bombardeo aéreo del ejército de los EE.UU., el 90% del área de la provincia de Naha se quemó, y por si fuera poco, el año siguiente se perdieron muchas vidas y patrimonio cultural en la batalla terrestre de Japón con EE.UU.
Después de la guerra (Segunda Guerra Mundial), Okinawa es colocada bajo el dominio de los militares de EE.UU., y mediante la adquisición forzosa de tierras se construyeron en la ciudad de Naha instalaciones militares estadounidenses.

En 1954, la ciudad de Naha se une con la ciudad de Shuri y el pueblo de Oroku, y en 1957 se une con la ciudad de Mawashi, convirtiéndose en la ciudad de Naha actual.
El 15 mayo de 1972, después de 27 años del mandato militar por EE.UU., el derecho administrativo de Okinawa es devuelto a Japón, y nace una nueva prefectura de Okinawa (HONDO FUKKI = regreso a la patria). Sin embargo, el retorno a la patria trajo consigo varios problemas como el problema de las bases militares, que sigue siendo un gran problema hoy en día.
En el año 2000, se llevó a cabo la Conferencia de las Mayores Naciones "Cumbre Kyusyu-Okinawa", y las ruinas del Castillo SHURI-JŌ, el Jardín SHIKINAEN, el bosque sagrado SONOHYAN UTAKI ISHIMON, y la Tumba Real TAMAUDUN, fueron registrados como Patrimonio Mundial de la UNESCO.
Naha, ciudad que fue el principal escenario histórico de Ryukyu y Okinawa durante su larga historia. Incluso ahora, Naha sigue siendo una ciudad que transmite fuertemente su historia y cultura, y continúa desarrollándose como la majestuosa capital de la prefectura.